神護景雲四年(西暦７７０年)、和気清麻呂公(わけのきよまろこう)によって宇佐神宮より勧請されたと伝わる。
社伝によると、海路帰京の途中嵐に遭った清麻呂公は、当時入江となっていた有帆の地に船を寄せ高台のこの場所に避難し、宇佐神宮の八幡神に祈ったところたちまちのうちに嵐は鎮まった。そこで清麻呂公はこの地の守護神として八幡神を勧請されたという。
かつてこの地は椿の木が多く生えていたことから「椿河内(つばきごうち)」といい、社名も古くは「椿八幡宮」「椿河内別府八幡宮」とも称され、御神木である「玉椿(たまつばき)」はツバキとしては県内でも有数の古木とされています。