平安時代、寛弘２年（1005）大分県の宇佐八幡宮（現宇佐神宮）より勧請する。
建久２年（1191）に再建。爾来500年の星霜を経て社殿は破壊し、江戸時代の安永３年に村民が領主毛利氏に再建を願い出て、安永５年（1776）に社殿再建。
明治６年（1873）１０月、村社になった。
平成１０年（1998）吉部田八幡宮樹林として山口県指定の自然記念物（県内33ヶ所の一つ）に指定される。
平成１７年（2005）に御鎮座壱千年式年祭を斎行した。